python - 将距离矩阵转换为 newick 字符串格式的系统发育树

Question

我通过读取 FASTA 文件创建了一个距离矩阵，现在我被要求编写一个函数，该函数将生成一个 newick 字符串格式的系统发育树。该函数将采用距离矩阵的一个参数。你能帮我写一些代码吗？

格式示例：

打印（upgma（爱德华兹））

(E:17.00,((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(D:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50):2.50)

Answer 1

BioPython 的Seq类型没有iter_kmer方法。也许您正在寻找来自 的等效课程skbio？http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html