我一直在使用 Cramtools 压缩 bam 文件，但没有得到我希望的结果。
如果我尝试无损压缩
java -jar cramtools.jar cram -I file.bam -O file.cram -R genome.fa --capture-all-tags --lossless-quality-score
它会将文件转换为临时文件。虽然当我解压缩 bam 文件时，它发生了巨大的变化。读数已更改，但质量分数未更改。解压后的 bam 文件通常比原始文件小，即使添加了标题也是如此。如果我之后压缩和解压缩这个文件，它不会像第一次那样改变。
有人可以向我解释如何正确使用 cramtools 吗？或者这是预期的输出？