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我正在我的de novo转录组组装上运行 blastx。虽然程序仍在运行，但我一直在收到类似这样的错误：

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very  long: 1127 characters (max is 1000)

...以及其他字符数不同的地方。我已经在网上搜索了这个特定的错误，但我似乎没有找到任何关于它的东西。我希望遇到过它的人可以帮助我理解它的含义，特别是如果我应该停止运行并从不同的参数开始或对我的程序集进行一些更改。

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I'm facing the same problem in the ncbi-blast-2.2.29+ version. Then, I used an older version (2.2.25+) and makeblastdb worked fine to me, without these two message errors:

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very long: 1141 characters (max is 1000)

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Ignoring FASTA modifier(s) found because the input was not expected to have any.

Well, you can use an older version too, until the developers fix the problem.

于 2014-04-06T00:47:49.823 回答
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你有没有想过这个？我在使用 Trinity 程序集生成的 fasta 文件时遇到了同样的问题。fasta 文件没有以任何方式更改，所以我不确定为什么会有问题。我做了一些研究，发现了产生这个错误的源代码：

void CFastaReader::ParseTitle(
00848     const SLineTextAndLoc & lineInfo, IMessageListener * pMessageListener)
00849 {
00850     const static size_t kWarnTitleLength = 1000;
00851     if( lineInfo.m_sLineText.length() > kWarnTitleLength ) {
00852         FASTA_WARNING(lineInfo.m_iLineNum,
00853             "FASTA-Reader: Title is very long: " << lineInfo.m_sLineText.length()
00854             << " characters (max is " << kWarnTitleLength << ")",
00855             ILineError::eProblem_TooLong, "defline");
00856     }

此代码位于：在此处输入链接描述

于 2014-04-02T17:02:56.300 回答
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我最终使用单行来解析 fasta 标头中的无关信息：

sed -e 's/>* .*$//' original.fasta > truncated.fasta

但我建议首先在测试文件上执行此操作，因为您的标题很可能与我的不同。

谢谢指点！

于 2014-04-09T20:51:12.157 回答